Årets metod för cellforskning möjliggör nya behandlingar mot cancer

Tekniken som möjliggör spatialt guidad analys av våra gener har utsetts till årets metod av Nature Methods. På Lunds universitet finns sedan i höstas en variant av denna metod, som forskare både inom och utanför universitetet kan använda. Tekniken kan användas till att studera hur olika celler påverkar varandra i mänsklig vävnad. Det kan i sin tur leda fram till nya behandlingar för exempelvis cancer.

Jonas Andersson – Publicerad den 4 februari 2021

Lina Olsson som är praktiskt ansvarig för faciliteten, framför GeoMX instrumentet och där en bild på vävnad som analyseras syns på bilden.

Tekniken i sig är inte framtagen i Lund, men LTH och Lunds universitet är tidigt ute.

– Vi är en av de första i Europa som har köpt in den avancerade utrustning som krävs och har öppnat för användning av våra forskare, men även andra, vilket dockar in i LTH:s Open Door-strategi där vi inte bara erbjuder forskare utan även företag möjlighet att använda våra faciliteter, säger Sara Ek, professor i Immunteknologi och ansvarig för den så kallade core-facilitet där utrustningen finns.

Samverkande celler

Så gott som alla celler i kroppen samverkar med andra närliggande celler och med denna metod kan man

färga in särskilt intressanta celler eller strukturer i vävnaden. Tekniken möjliggör en detaljerad kartläggning av de gener som används i en viss typ av cell eller vävnadsstruktur. Som en slags molekylär GPS. Därefter kan man välja just de regioner där man vill göra en djup analys av de proteiner eller RNA som används just i de valda cellerna.

Tidigare har man kunnat titta på hur enstaka proteiner används i vävnad, men med spatialt guidad molekylär analys kan man studera vilka upp till 70-90 proteiner och 1800 olika mRNA-molekyler som finns i enskilda celler, vilket gör att man kan öka förståelsen på ett betydligt mer avancerat sätt.

Medicinsk forskning

Snart släpps även så kallade paneler för att studera 18 000 mRNA, vilket öppnar upp möjligheten att göra att en fullständig kartläggning av vilka gener som används i specifika typer av celler eller vävnadsstrukturer.

Genom att analysera transkriptomet i specifika regioner kan man dels ägna sig åt grundforskning inom cellbiologi och öka förståelsen av hur olika typer av vävnader fungerar, dels göra medicinsk forskning för att få fram nya behandlingar.

Förstå samspelet mellan celler

Detta kan vara skräddarsydda individanpassade immunologiska läkemedel för sjukdomar som cancer, men även förbättrade behandlingar för diabetes, demenssjukdomar, inflammationer och hjärt-kärlsjukdomar.

– Tekniken gör det möjligt att förstå hur olika celler samspelar. Tidigare har man tagit ett vävnadsprov från patienten och sekvenserat hela blandningen av celler, eller färgat ett mindre antal, kanske 5-10 proteiner. Nu kan man analysera på djupet vad som händer i en specifik region och studera hur avståndet mellan olika celltyper påverkar deras funktion, vilket kommer att öka vår förståelse för hur mikromiljön påverkar olika sjukdomsförlopp, säger Sara Ek.

Läkemedel på individnivå

Själv forskar hon på B-cellslymfom och kan nu på ett nytt sätt studera hur cancer- och immunceller samverkar. Det kan göra det möjligt att förstå varför vissa patienter svarar väl på en behandling, och andra inte.

– Tekniken är viktig för att förstå det komplexa samspelet mellan cancer och kringliggande immunceller som påverkar hur olika läkemedel fungerar på individnivå.

 En annan fördel är att metoden inte är destruktiv, det vill säga att vävnaden är intakt och därmed kan den användas igen för nya undersökningar.

Länk till Nature Methods

Bakgrund

Core-faciliteten är ett resultat av att 40 forskare inom Lunds universitet på Sara Eks initiativ har gått samman och sökt medel både från universitetet och enskilda fakulteter. Dessutom har man fått extern finansiering från stiftelsen Cancera, vilket gjort det möjligt att köpa in den utrustning som nu finns tillgänglig på LTH.

Sara Ek

Sara Ek

Sara Ek är professor vid Institutionen för immunteknologi. Läs mer om egens forskning i Forskningsportalen